Se han encontrado vestigios arqueológicos de época ibero-romana que parecen documentar un asentamiento anterior a la presencia musulmana en Quéntar. Las primeras noticias históricas del municipio no llegan hasta el siglo XIII, ya en plena época nazarí, cuando entre los 28 distritos (isqlim) que componían la Cora de Elvira figura citado el Isqlim del Dur. Este topónimo se identifica con un antiguo poblado de igual denominación, hoy desaparecido. Incluía también la alquería de Quéntar denominada, según Seco de Lucena, como Qariat Quentar y dividida en tres asentamientos. El nombre que recibió aún no ha sido descifrado por los expertos.
Debido a su proximidad a la capital, la suerte del municipio corrió pareja a la de aquélla, cayendo en poder de los Reyes Católicos a finales del siglo XV y viviendo un siglo después la rebelión de los moriscos contra Felipe II. En este lugar, la revuelta fue afrontada por don Juan de Austria en 1569. En conmemoración de dichos sucesos se celebra en éste y otros pueblos de los alrededores la conocida batalla entre moros y cristianos. A partir de este momento se llevó a cabo la repoblación de dichas tierras y una evolución similar a la del resto de la provincia.
